Le choix de la bibliothèque

De mon expérience :

• Tkinter est pratique pour des proto car assez simple et livré avec la bibliothèque standard. Le gros inconvénient est que c'est particulièrement moche.
• WxWidget a eu pas mal la cote dans le monde Python car simple et efficace. Guido a même déjà dit qu'il aurait put être le GUI intégré à la place de Tkinter si il était apparut avant. Mais comme tu le dis, sa côte baisse au fur et a mesure.
• Il y a PyGtk que tu n'as pas cité, mais ce dernier est relativement mal documenté et mal intégré dès que tu sorts du monde Gnome.
• PyQt ou PySide profitent de la grande popularité de Qt. Personnellement je les trouve très agréable. Tu profite de tout l'écosystème Qt (Gui builder par ex) facilement, la doc est très bien fournit et il est très facile de transposer du code C++/Qt vers l'équivalent python (ce qui est chouette vu la grande communauté Qt, quand tu as un soucis et que la solution est présenté sous un code c++).

Tu aura compris, personnellement je conseille Qt.

edit: si tu compte faire des applications mobiles/tablettes qui utilisent le tactile, ou même si tu veux juste un truc un peu plus fancy que les applis classique, Kivy est un framework très agréable à utiliser et qui donne de super résultats.