Bonjour tout le monde !
Je vous passe le couplet sur les révisions pendant les vacances ; mon problème est que j'ai de gros doutes sur les conditions expérimentales de cristallisation et observation d'une protéine cristallisée. Je vais pondre un baratin juste en dessous correspondant à ce que j'ai retenu, en espérant ne rien omettre (et c'est là où vous pourrez intervenir si possible, surtout en ce qui concerne le protocole expérimental).
Pour observer une prot aux rayons X (afin d'avoir une résolution de l'ordre de qqs Angstroms), on commence par en faire un cristal afin d'amplifier le signal. Un cristal est une répétition d'unité élémentaire, la maille, et de façon hhautement organisée. On va pouvoir faire apparaître des interférences, constructives et destructives, comme en optique classique et augmenter l'intensité du signal.
Pour cristalliser, on commence par solubiliser la protéine en concentration de l'ordre du µg par µL (?) et on augmente la concentration par diffusion de solvant (eau) ; si tout se passe bien un cristal apparaît ; on le bombarde de rayons X qui interfèrent avec les électrons et dévient ainsi le faisceau. Quand tout arrive sur la plaque de détection, on récupère le signal obtenu, avec les interférences. Pour une raison qui m'est inconnue, ce qu'on a correspond à une transformée de Fourier, amplitude (en fonction de la position ?). On connaît la fréquence des RX qui traversent le signal, on récupère l'amplitude mais on a perdu l'information de phase de l'onde, il nous manque donc une info caractéristique.
Pour récupérer cette info, soit on compare ensuite à une protéine très similaire déjà résolue en en prenant la transfo de Fourier et en se servant comme base pour reconstruire le signal par transfo inverse, soit on a fait placer dans le cristal des atomes lourds (donc riches en électrons donc marques caractéristiques) qui vont permettre de reconstruire ensuite l'image… Ça nous donne une carte de densité électronique. Pour peu que le signal soit suffisamment fin (donc forte dose de rayonns X + cristal suffisamment grand pour amplifier correctement), on a la structure atomique.
Enfin, pour estimer la résolution qu'on a, on compare le modèle calculé aux résultats : on prend la transfo de Fourier du modèle, le signal qu'on a et on calcule le taux de similitude. Je sais vaguement qu'on doit l'exprimer en fonction d'une distance (ou l'inverse d'une distance) et qu'on dit que la résolution correspond à la valeur pour laquelle on a 50% de similitude.
Mon seul problème est que je trouve que ça fait très magie-abracadabra et j'ai du mal à dêmeler les pinceaux. D'où lle fait que je vous demande de critiquer chaque point qui soit faux/inexact/un peu trop magique.
Avec mes meilleurs voeux pour les fêtes à venir.
