Derniers messages sur Zeste de Savoirhttps://zestedesavoir.com/forums/2014-09-17T20:01:53+02:00Les derniers messages parus sur le forum de Zeste de Savoir.Logiciel de Structure 3D de Molécule, message #219932014-09-17T20:01:53+02:00mathiasm/@mathiasmhttps://zestedesavoir.com/forums/sujet/1266/logiciel-de-structure-3d-de-molecule/?page=1#p21993<p>(tout ça me rappelle que j'ai un article de cheminformatics en cours de rédaction…)</p>Logiciel de Structure 3D de Molécule, message #219162014-09-17T07:24:20+02:00pierre_24/@pierre_24https://zestedesavoir.com/forums/sujet/1266/logiciel-de-structure-3d-de-molecule/?page=1#p21916<p>Juste, je l'ai oublié, celui là. Bon, ça lit le format PDB, donc en soit, avec Avogadro, tu peux encore exporter dans ce format là si tu y tiens absolument (et de toute façon, le site <a href="http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/molfile/">annonce que le programme lit un certain nombre de choses</a>). Du reste, c'est aussi complexe à prendre en main que pymol <img alt=":p" src="/static/smileys/langue.png"></p>Logiciel de Structure 3D de Molécule, message #219142014-09-16T23:44:57+02:00Luthaf/@Luthafhttps://zestedesavoir.com/forums/sujet/1266/logiciel-de-structure-3d-de-molecule/?page=1#p21914<p>Sinon en visualisation, il y a <a href="http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/">VMD</a> qui envoie du paté aussi au niveau des réglages de rendus, mais il te faut avoir un fichier qui décrit ta structure.</p>Logiciel de Structure 3D de Molécule, message #218872014-09-16T19:01:38+02:00Axylium/@Axyliumhttps://zestedesavoir.com/forums/sujet/1266/logiciel-de-structure-3d-de-molecule/?page=1#p21887<p>Merci Pierre ! Avogadro, c'est le bonheur! <img alt=":D" src="/static/smileys/heureux.png"></p>Logiciel de Structure 3D de Molécule, message #218842014-09-16T18:51:48+02:00Arius/@Ariushttps://zestedesavoir.com/forums/sujet/1266/logiciel-de-structure-3d-de-molecule/?page=1#p21884<p>Je n'en attendais pas moins de toi <img alt=";)" src="/static/smileys/clin.png"></p>Logiciel de Structure 3D de Molécule, message #218802014-09-16T18:40:11+02:00pierre_24/@pierre_24https://zestedesavoir.com/forums/sujet/1266/logiciel-de-structure-3d-de-molecule/?page=1#p21880<p>Disons que je répond à la question, dans ce cas <img alt=";)" src="/static/smileys/clin.png"></p>Logiciel de Structure 3D de Molécule, message #218792014-09-16T18:37:02+02:00Arius/@Ariushttps://zestedesavoir.com/forums/sujet/1266/logiciel-de-structure-3d-de-molecule/?page=1#p21879<p>J'ai pas dit qu'elle était à jour aussi, juste pris le premier résultat. <img alt=":P" src="/static/smileys/langue.png"></p>Logiciel de Structure 3D de Molécule, message #218782014-09-16T18:30:54+02:00pierre_24/@pierre_24https://zestedesavoir.com/forums/sujet/1266/logiciel-de-structure-3d-de-molecule/?page=1#p21878<p>Cette liste est, de mon point de vue, complètement pas à jour (la plupart des programmes dates de début 2000).</p>
<p>Elle oublie par exemple de présenter Avogadro, qui est depuis quelque temps une référence en la matière (enfin, le terme "référence" est un peu fort, mais au moins, il est toujours maintenu, ce qui n'est pas le cas d'un certain nombre de programme de la liste), et qui est dans les dépots ubuntu (et d'à peu près toutes les distrib's, et windows, et mac). Il intègre OpenBabel, qui permet d'ouvrir énormément de formats en chimie (et ça c'est cool) et un peu de champ de forces vites fait pour nettoyer des structures et obtenir des machins un peu réalistes (et ça c'est cool). Bref, le bonheur …<sup id="fnref-b"><a class="footnote-ref" href="#fn-b">1</a></sup></p>
<p>Il y a aussi, mais ça devient tordu, pymol, qui est en fait encore meilleurs, mais très difficile a prendre en main (et clairement orienté biologie). </p>
<div class="footnote">
<hr>
<ol>
<li id="fn-b">
<p>… Tant qu'on ne lui demande pas trop, il a encore des bugs. Mais pour ce que tu cherches à faire, c'est paaaarfait :) <a class="footnote-backref" href="#fnref-b" title="Retourner au texte de la note 1">↩</a></p>
</li>
</ol>
</div>Logiciel de Structure 3D de Molécule, message #218762014-09-16T18:21:09+02:00Arius/@Ariushttps://zestedesavoir.com/forums/sujet/1266/logiciel-de-structure-3d-de-molecule/?page=1#p21876<p>Si une recherche en français ne donne rien de tangible, effectuer une recherche en anglais avec des mots-clefs (ex: ubuntu molecular modelling software). <img alt=";)" src="/static/smileys/clin.png"> </p>Logiciel de Structure 3D de Molécule, message #218732014-09-16T18:16:48+02:00Axylium/@Axyliumhttps://zestedesavoir.com/forums/sujet/1266/logiciel-de-structure-3d-de-molecule/?page=1#p21873<p>Arf ! <img alt=":(" src="/static/smileys/triste.png"> J'ai fouillé de fonte en comble la doc française, mais pas l'anglaise ! </p>
<p>Je vais voir ça de ce pas !</p>Logiciel de Structure 3D de Molécule, message #218722014-09-16T18:15:51+02:00Arius/@Ariushttps://zestedesavoir.com/forums/sujet/1266/logiciel-de-structure-3d-de-molecule/?page=1#p21872<p><a href="https://help.ubuntu.com/community/UbuntuScience">https://help.ubuntu.com/community/UbuntuScience</a></p>
<p>Have fun ! (faut descendre un peu la page)</p>Logiciel de Structure 3D de Molécule, message #218712014-09-16T18:14:01+02:00Axylium/@Axyliumhttps://zestedesavoir.com/forums/sujet/1266/logiciel-de-structure-3d-de-molecule/?page=1#p21871<p>Bonjour à tous. <img alt=":)" src="/static/smileys/smile.png"></p>
<p>Je viens vers vous, car je suis à la recherche d'un petit logiciel pour représenter des structures moléculaire, en 3D (<em>cf. photo suivante</em>), sur Ubuntu.</p>
<p><figure><img alt="" src="http://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/0/05/Ammonia-3D-balls-A.png/311px-Ammonia-3D-balls-A.png"><figcaption>Structure Moléculaire 3D</figcaption></figure></p>
<p>Puisque, je réécris chez moi, tout mes cours au propre, et donc, ceux de physique/chimie avec. Actuellement, j'utilise <em>Chemtool</em> pour pouvoir écrire, exporter au format <em>.png</em> et insérer dans un document LibreOffice Writer, les formules développés des molécules. Mais j'aimerais beaucoup avoir avec cela, à côté, un petit aperçu de comment rend la molécule en 3D. Donc, si possible, il faudrait que avec ce logiciel il soit possible d'exporter au format d'une image. Enfin, si ce n'est pas possible, ce n'est pas grave, je me débrouillerais avec des captures d'écran. <img alt=":)" src="/static/smileys/smile.png"></p>
<p>Puis au pire, même si ce logiciel ne me permet d'exporter la molécule 3D en image et de l'insérer dans un document, il me sera toujours utile pour les cours ! <img alt=":)" src="/static/smileys/smile.png"></p>
<p>Merci pour vos réponses !</p>