Lire un fichier d'informations cristallographiques

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Bonjour,

Depuis un moment, les bases de données de structures cristallines tendent à privilégier les fichiers cif (ici par exemple), ou alors le groupe avec les positions de Wyckoff (par là). Dans de nombreux cas, il est facile à partir des valeur x, y et z de remonter aux positions atomiques.

Mon problème, et l'objet de ce sujet, est que je suis tombé sur des structures qui sont décrites comme appartenant à un groupe ayant, par exemple, 16 positions de Wyckoff, quand la stoichiometrie est dans un rapport 3:2, ce qui semble vouloir dire que certaines de ces positions sont équivalentes. Ce n'est cependant pas indiqué clairement dans le fichier cif que j'ai obtenu, et j'aimerais avoir quelques explications sur comment le lire.

Fichier complet

(C) 2015 by Fachinformationszentrum Karlsruhe. All rights reserved.

data_73695-ICSD database_code_ICSD 73695 _audit_creation_date 1995-01-10 _audit_update_record 2012-08-01 _chemical_name_systematic 'Uranium silicide (3/2)' _chemical_formula_structural 'U3 Si2' _chemical_formula_sum 'Si2 U3' _chemical_name_structure_type Si2U3 _exptl_crystal_density_diffrn 12.2 _publ_section_title 'Structural chemistry and magnetic behaviour of binary uranium silicides' loop citation_id _citation_journal_full _citation_year _citation_journal_volume _citation_page_first _citation_page_last _citation_journal_id_ASTM primary 'Journal of Solid State Chemistry' 1992 97 391 399 JSSCBI loop publ_author_name 'Remschnig, K.' 'le Bihan, M.T.' 'Noel, H.' 'Rogl, P.' _cell_length_a 7.3314(9) _cell_length_b 7.3314(9) _cell_length_c 3.9001(8) _cell_angle_alpha 90. _cell_angle_beta 90. _cell_angle_gamma 90. _cell_volume 209.63 _cell_formula_units_Z 2 _symmetry_space_group_name_H-M 'P 4/m b m' _symmetry_Int_Tables_number 127 _refine_ls_R_factor_all 0.038 loop symmetry_equiv_pos_site_id _symmetry_equiv_pos_as_xyz 1 'y+1/2, x+1/2, -z' 2 '-y+1/2, -x+1/2, -z' 3 '-y, x, -z' 4 'y, -x, -z' 5 'x+1/2, -y+1/2, -z' 6 '-x+1/2, y+1/2, -z' 7 'x, y, -z' 8 '-x, -y, -z' 9 '-y+1/2, -x+1/2, z' 10 'y+1/2, x+1/2, z' 11 'y, -x, z' 12 '-y, x, z' 13 '-x+1/2, y+1/2, z' 14 'x+1/2, -y+1/2, z' 15 '-x, -y, z' 16 'x, y, z' loop atom_type_symbol _atom_type_oxidation_number U0+ 0 Si0+ 0 loop atom_site_label _atom_site_type_symbol _atom_site_symmetry_multiplicity _atom_site_Wyckoff_symbol _atom_site_fract_x _atom_site_fract_y _atom_site_fract_z _atom_site_B_iso_or_equiv _atom_site_occupancy _atom_site_attached_hydrogens U1 U0+ 2 a 0 0 0 . 1. 0 U2 U0+ 4 h 0.1821(1) 0.6821(1) 0.5 . 1. 0 Si1 Si0+ 4 g 0.3841(9) 0.8841(9) 0 0.7(1) 1. 0 loop _atom_site_aniso_label _atom_site_aniso_type_symbol _atom_site_aniso_B_11 _atom_site_aniso_B_22 _atom_site_aniso_B_33 _atom_site_aniso_B_12 _atom_site_aniso_B_13 _atom_site_aniso_B_23 U1 U0+ 0.91(4) 0.91(4) 4.3(1) 0 0 0 U2 U0+ 0.82(2) 0.82(2) 0.31(2) -.27(4) 0 0

End of TTdata_73695-ICSD

Exemple minimum (je pense)

(C) 2015 by Fachinformationszentrum Karlsruhe. All rights reserved.

data_73695-ICSD chemical_name_structure_type Si2U3 _cell_length_a 7.3314(9) _cell_length_b 7.3314(9) _cell_length_c 3.9001(8) _cell_angle_alpha 90. _cell_angle_beta 90. _cell_angle_gamma 90. _cell_volume 209.63 _symmetry_space_group_name_H-M 'P 4/m b m' _symmetry_Int_Tables_number 127 loop symmetry_equiv_pos_site_id _symmetry_equiv_pos_as_xyz 1 'y+1/2, x+1/2, -z' 2 '-y+1/2, -x+1/2, -z' 3 '-y, x, -z' 4 'y, -x, -z' 5 'x+1/2, -y+1/2, -z' 6 '-x+1/2, y+1/2, -z' 7 'x, y, -z' 8 '-x, -y, -z' 9 '-y+1/2, -x+1/2, z' 10 'y+1/2, x+1/2, z' 11 'y, -x, z' 12 '-y, x, z' 13 '-x+1/2, y+1/2, z' 14 'x+1/2, -y+1/2, z' 15 '-x, -y, z' 16 'x, y, z' loop _atom_site_label _atom_site_type_symbol _atom_site_symmetry_multiplicity _atom_site_Wyckoff_symbol _atom_site_fract_x _atom_site_fract_y _atom_site_fract_z _atom_site_B_iso_or_equiv _atom_site_occupancy _atom_site_attached_hydrogens U1 U0+ 2 a 0 0 0 . 1. 0 U2 U0+ 4 h 0.1821(1) 0.6821(1) 0.5 . 1. 0 Si1 Si0+ 4 g 0.3841(9) 0.8841(9) 0 0.7(1) 1. 0

End of TTdata_73695-ICSD

Donc comme vous pouvez le voir ici, il y a 16 positions de Wyckoff. Les paramètres de ces positions sont décrits dans une boucle, plus bas, qui les donnes pour 2 atomes d'uraniums, ensuite 4 atomes d'uranium, et ensuite, 4 atomes de silicium, ce qui conserve la stoichiometrie. Mais quelles positions de Wyckoff suis-je censé lire? Les symboles de Wyckoff sont aussi donnés, leur correspondance est facile à trouver, mais au final, ça ne m'aide pas beaucoup.

J'ai aussi trouvé un programme qui convertit directement les fichiers cif (oui je sais, ça fait deux fois "fichier") en POSCAR (qui est ce que je veux) et qui semble le faire correctement, mais c'est frustrant de ne pas comprendre. J'ai aussi lu (rapidemment) "A guide to CIF for authors", sans y trouver mon bonheur.

Merci !

Auteur du sujet

Salut,

Merci pour ta réponse. J'avais aussi jeté un oeil à openbabel, que tu avais mentionné sur le topic de ton projet, mais qui ne lit pas les .cif correctement.

Après avoir regardé le code rapidement, la lecture de ces fichiers me semble plus exacte ici, mais il va falloir que je le comprenne mieux pour comprendre exactement comment sont lus ces données.

Merci encore

PS: Je viens de me rendre compte que les fichiers que j'ai mis en balise secrète sont illisibles. Il le sont en citant le message pour avoir le texte que j'ai copié collé.

Édité par Rockaround

Merci pour ta réponse. J'avais aussi jeté un oeil à openbabel, que tu avais mentionné sur le topic de ton projet, mais qui ne lit pas les .cif correctement.

Pymatgen est le premier code open source que je rencontre qui lit correctement les .cif. En payant et chef, il y a Material Studio qui est utilisé au labo.

Mon Github — Tuto Homebrew — Article Julia

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Auteur du sujet

Celui que j'ai utilisé, et qui a l'air de le faire bien jusqu'à présent, s'appelle cif2cell. Par contre, il ne semble convertir qu'en input pour ABINIT, CASTEP, CPMD, Crystal, Elk, Exciting, EMTO, Fleur, RSPt, Siesta et VASP.

Mon problème, c'est que je ne comprends pas comment un composé avec une stoichiometrie 3:2 (U3Si2 pour ne pas le nommer) peut faire partie d'un groupe qui a 16 positions. Ou plutôt, j comprends que certianes de ces positions seront dégénérées, mais je ne comprends pas comment lire le .cif dans ce cas.

Auteur du sujet

Je remonte le sujet, parce que j'ai trouvé un autre code qui peut faire cette conversion, et également vers de nombreux autres formats. En plus, il permet de directement créer et orienter ses structures, est toujours mis à jour, et met à disposition son code source en fortran. Ça pourrait être utile à certains.

http://atomsk.univ-lille1.fr/index.php

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