Salut !
En effet, tu peux stocker tes templates à plusieurs endroits selon la façon dont tu va t’en servir.
Je connais au moins deux conventions. Celle qui est utilisée sur Zeste de Savoir consiste à créer un dossier templates dans le dossier du projet, avec un sous-dossier pour chaque application. L’avantage est que toutes les templates sont centralisées dedans, ça les rends plus faciles à retrouver.
Pour un projet nommé mon_projet avec deux applications, ça peut donner quelque chose comme ça.
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├── ma_deuxieme_app
├── manage.py
├── ma_premiere_app
├── mon_projet
│ ├── settings.py
│ ├── urls.py
│ └── wsgi.py
└── templates # Toutes les templates vont ici.
├── 404.html
├── 500.html
├── base.html
├── ma_deuxieme_app
│ └── page1.html
└── ma_premiere_app
├── accueil.html
├── page1.html
└── page2.html
|
La deuxième consiste à avoir un dossier templates/ dans le dossier du projet qui contiendra toutes les templates de base, et un dossier templates/ dans chaque applications pour stocker les templates propres à cette appli. Ça peut donner quelque chose comme ça.
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├── manage.py
├── ma_premiere_app
│ └── templates
│ ├── accueil.html
│ ├── page1.html
│ └── page2.html
├── ma_deuxieme_app
│ └── templates
│ └── page1.html
├── mon_projet
│ ├── settings.py
│ ├── urls.py
│ └── wsgi.py
└── templates
├── 404.html
├── 500.html
└── base.html
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Cependant, je ne saurais te dire laquelle de ces méthodes est la plus recommandée. Mais pour répondre à ta question : oui, c’est une très bonne habitude à prendre de séparer ses templates si tu prévois de faire un projet conséquent (comprendre : plus de deux ou trois pages), ça aide vraiment à s’y retrouver quand tu dois chercher le template à modifier. 
