Il parle sûrement par rapport à l'X. Dans mon cas, j'ai fais un INSA en spécialité mathématique en premier diplôme. Quand je suis arrivé à l'X via un master cohabilité avec l'UPMC, l'anecdote c'est qu'au premier cours d'un enseignement de la formation ingénieur, l'enseignant nous a gratifié d'un : "Bon, nous avons des gens de la fac, je m'excuse donc car le cours va leur sembler assez facile, mais ici on est une école d'ingénieurs donc on forme des ingénieurs principalement". C'était évidemment différent dans les autres cours du master qui se passaient à l'X, mais cela rejoint le commentaire d'Holosmos sur le fait que l'X est une école d'ingénieur.
En dehors de cela, je me suis alors penché sur le cursus ingénieur de l'X et j'ai eu bien plus de matières variées en mathématiques que me l'aurait permis le cursus d'ingénieur de l'X. Par ailleurs, j'ai eu des cours qui étaient les même qu'a l'X (jusqu'à l'examen) pour certaines matières, voire le même prof, notamment calcul spectral et éléments finis. Tout ça pour dire qu'au final peu importe la formation d'ingénieur, celles-ci sont très bonnes et c'est ensuite ton niveau individuel et la manière dont tu t'investis qui va faire la différence (Holosmos a cité aller à des conférences, c'est un moyen parmi d'autres même si celui-ci ne se remarque pas sur un CV).
Au passage, la formation que j'ai eu à l'INSA était pas franchement que appliquée (il y avait effectivement du Fortran, de l'informatique scientifique, etc.). En fait plutôt qu'appliqué, on devrait dire technique parce que résoudre des EDP ça peut sembler appliqué mais ça requiert de savoir manipuler et conceptualiser des outils très abstraits et rien que pour ça le qualificatif appliqué me dérange un peu (et Holosmos a bien signalé le problème). Le cours de mesure et distribution était le même qu'au FIMFA (et pour le coup j'ai même le support de cours qui traine dans les cartons), idem pour l'analyse fonctionnelle et probabilité et statistiques (pour le coup, en probabilité, c'était même un prof qui faisait un cours similaire à l'ENS). J'ai moins de souvenir pour le reste à part qu'il y avait pas d'algèbre à proprement parlé mais plutôt des bouts nécessaires intégrés par ci par là.
Par contre, là où je ne suis pas du tout d'accord avec Holosmos c'est sur le fait qu'il vaut mieux aller directement à la fac pour faire des mathématiques. J'ai vu 10 fois plus de matières en mathématiques en passant par une école d'ingénieur qu'aucun élève de la fac de mathématiques n'en verra. J'ajoute à cela une formation généraliste en CPGE qui permet d'appréhender différents domaines ce qui in fine sert dans le travail de recherche à un moment ou un autre.
Le bémol c'est qu'en école d'ingénieurs, il est plus facile en comparaison à la fac de ne faire que préparer des examens sans réellement maitriser ce que l'on fait. Cela demande surement un effort personnel plus important qu'à la fac où l'accent est davantage mis sur cela.
Entre fac et école, je n'ai pas vu de différence côté professeurs, surement parce qu'ayant fait une prépa intégrée mes professeurs étaient tous des enseignants-chercheurs qui enseignaient aussi au niveau master. C'est d'ailleurs à mon sens l'un des principaux avantages d'un cycle intégré.
Ceci dit, et pour conclure, avec le recul je n'ai aucun regret sur mon parcours: une école d'ingénieur avec cycle intégré et département de mathématiques qui m'a permis d'avoir une vaste connaissance de plein de domaines des mathématiques et bien plus, un master à l'étranger enrichissant à bien des égards et enfin un master recherche sur mesure à la fac dont j'ai vraiment pu tirer le meilleur.
J'en profite aussi pour dire que perdre une année ce n'est rien. Rien que le nombre de taupins qui redoublent, ceux qui se réorientent en première année parce qu'ils n'aiment pas ce qu'ils ont choisi un peu à l'aveugle (APB, c'est pas forcément facile pour un élève de terminale), etc. Quand tu prends en compte qu'un parcours Master / Ingé + Master recherche + doctorat, c'est au moins 5 + 1 + 3 = 9 ans, et dans le pire des cas, tu redoubles en prépa, tu fais ton master recherche en 2 ans ou tu en fais deux parce que t'es un beau gosse, et tu es un peu à la bourre sur la rédaction de ton manuscrit et donc tu fais 4 ans pour la thèse, tu plafonnes à 12 ans. Dans les deux cas tu as des études longues.
Dans mon cas, j'ai perdu deux ans pratiquement, d'une part à cause de la différence de calendrier avec l'étranger et la France, et d'autres part pour des raisons personnelles qui m'ont fait repousser ma thèse d'une année. Ce n'a pas été du temps de perdu puisque j'ai travaillé entre temps, eu plein de projets et d'expériences, me suis fait plein de contacts et ça a même facilité mes recherches par la suite.