Heu, surprenant…
Je n’ai jamais utilisé Webpack Encore, je ne saurais dire si c’est le souci, même si j’imaginerais plutôt que les dossiers nécessaires seraient créés, et non les dossiers "inutiles" (en vertu de quoi pour le programme, d’ailleurs ?) supprimés.
As-tu aussi testé en passant par Apache plutôt que le serveur pur PHP ? Tant qu’on y est, autant explorer toutes les pistes…
Il y a aussi certains paramètres que j’ai eu à renseigner pour pouvoir lancer des scripts par tâche cron, donc en CLI (où les variables serveur ne sont pas définies), afin de faire des traitements lourds et envoyer des e-mails HTML (d’où la nécessité des données serveur pour le nom de domaine, etc.), il s’agit de router.request_context
. Ça pourrait aussi être une piste à explorer.