En physique, les milieux ne sont pas continu, et en théorie on devrait seulement sommer des quantités. La première approche qui nous permet d'intégrer, c'est l'approximation des milieux continus, qui consiste à négliger les effets à l'échelle du milieu considéré justement (chose que tu ne peux pas faire tout le temps en physique quantique par exemple, et qui a mené Planck a introduire sa constante).
Une fois cette approximation en jeu, tu peux considérer que les grandeurs que tu manipules sont continues (sauf exception, mais c'est rare en physique de manipuler des fonctions pas fréquentable ), et donc en particulier qu'en prenant un volume suffisamment petit, tu peux montrer que les variables considérées sont "à epsilon petit" près toutes constantes dans ton petit volume : c'est la fameuse échelle mésoscopique où ton volume est suffisamment petit pour utiliser de l'analyse dessus, et suffisamment grand pour négliger les effets de discontinuité.
L'approche la plus simple pour voir le lien, c'est d'abord d'adopter les notations suivantes (puisque je suppose que tu as surtout vu les notations avec la jacobienne en prépa) :
$$ df = \sum_{i} \dfrac{\partial f}{\partial x_i} \cdot dx_i $$
Normalement, c'est cette notation que tu utilises en physique, notamment en thermodynamique.
Ici, tu peux très bien voir $dx_i$ comme la différentielle de $x_i \mapsto x_i$, qui est constante égale à $x_i$. Cette notation permet de se dire que c'est bien un "accroissement infinitésimal" comme on aime les voir en physique.
Mais après, l'approximation des milieux continus n'est pas toujours suffisamment gentil pour te donner une fonction $C^\infty$, donc tu fais souvent des développements au premier/second ordre, et c'est là tout le coeur du truc : une application différentiable, c'est par def une application qui admet un développement limité au premier ordre, et c'est exactement ce qu'ont besoin les physiciens pour faire apparaitre les équations différentielles qu'ils adorent, simplifier les différences (puisqu'il ne faut pas oublier que ce serait des sommes discrètes sinon).
Et les fonctions différentiables ont des propriétés que tu as vu, celle que les physiciens mangent à toutes les sauces, et en particulier le théorème de Stokes (https://fr.wikipedia.org/wiki/Th%C3%A9or%C3%A8me_de_Stokes) qui comme dit dans le wiki, généralise le théorème fondamental de l'analyse.
Toute l'astuce de la physique (surtout celle de prépa), c'est d'utiliser suffisamment d'approximation pour entrer dans un cadre où l'on peut manipuler des fonctions presque toujours sans se soucier de problème de définition, convergence, hypothèse d'intégration, etc, ce qui fait que tu peux manipuler un "petit" volume comme au dessus, et le vocabulaire est parfois un peu exposé différemment en cours (exemple "une surface fermée" VS "domaine compact à bord lisse de $\mathbb{R}^3$").
Quand tu intègres le long du conducteur, pour l'exemple que tu as cité, tu intègres en fait sur une courbe paramétrée ($[a,b] \to \mathbb{R}^3$ pour simplifier), et tu as :
$$ \int_{\mathcal{C}} \vec{f}\cdot \vec{dl} = \int_a^b <(f\circ \mathcal{C})(t)\, |\, \mathcal{C}'(t)> dt $$
(Sachant que le membre tout à gauche est un peu abusif au niveau de la notation, mais c'est une notation physique, f est bien à valeur dans $\mathbb{R}^3$)
J'espère t'avoir plus aidé qu'embrouillé ! Après j'avoue ne pas trop connaitre suffisamment la théorie qu'il y a dessus pour le formaliser, mais si tu regardes du coté des variétés différentiables, je pense que tu pourras trouver tout ce que tu veux !
EDIT : je ne semble pas pouvoir éditer mon message pour corriger le latex inline. Sauf si …