Il n'y a pas d'usage « type », c'est un mythe. Tu peux installer globalement les mêmes programmes sur un BSD et sur un système Linux, donc c'est vraiment selon tes goûts que tu vas choisir ton système d'exploitation, ou selon des critères objectifs : méthode de mise à jour du système (rolling release à éviter pour un serveur par exemple), support d'une entreprise, durée du support d'une version, parfois la disponibilité d'un outil rentre en compte (j'y reviendrais), rapidité de mise à jour lorsqu'une faille dans un logiciel est détectée, etc.
Certains outils sont disponibles uniquement sur certains systèmes :
- zfs (FreeBSD et un non BSD pas connu, pour une raison de licence) : pour le stockage des données, qui a plein de features intéressantes, et notamment la déduplication (pour un serveur mail utilisé par 50000 étudiants, c'est bien d'avoir ça)
- packet filter : un pare-feux fait par l'équipe d'OpenBSD, très lié au noyau en lui-même donc impossible à porter simplement sur un autre système (les autres BSD le peuvent, mais avec un gros retard dans les versions)
- etc.
Les systèmes BSD sont connus pour être stables, et c'est lié en grande partie par leur modèle de développement : un seul dépôt pour le système de base.
Niveau compatibilité matérielle, Linux s'en sort généralement mieux, bien que cette différence tende à s'estomper.
Bref. Il y aurait encore beaucoup à dire, mais si tu ne devais retenir qu'une chose : il n'y a pas de réponse absolue. Cela dépend du contexte, de ce que tu veux faire, de pour qui tu veux le faire, de ton accès à la machine, du hardware de la machine, du temps que tu peux te permettre de passer pour corriger des incompatibilités qui se créent dans les logiciels au niveau de la configuration, etc.
Et si tu souhaites juste « avoir un serveur web » ou n'importe-quoi d'un peu générique, ou lié à un logiciel qui ne dépend pas directement du noyau d'un des OS (serveur mail, XMPP, RSS, pad, calc, etc.), tous les systèmes le gèrent bien, donc la question n'est pas pertinente.
Petit retour : je remplace petit à petit tous mes linux par du OpenBSD. Au niveau de la configuration de mes logiciels rien ne change (ex: serveur git, toujours du gitolite) sauf quand je décide d'utiliser d'autres outils (c'est pas obligatoire). Par exemple pour le serveur web j'utilise l'outil "httpd" développé en interne par l'équipe. J'aurai pu utiliser apache2 ou nginx pour le web, postfix pour le serveur mail… tout comme avant.
J'ai plein de raisons qui m'ont fait passé à OpenBSD, mais ça c'est une autre histoire.