Electrophorèse sur gel / PAGE-SDS

Bonjour à tous,

Je ne suis pas sûr de bien comprendre à quoi sert le SDS (Sodium dodécyl sulfate) dans une électrophorèse sur gel d’acrylamide. D’après ce que j’ai compris, c’est pour entrer en conditions dénaturantes, c’est-à-dire dénaturer toutes les protéines (perdent leur structure secondaire). Les protéines sont aussi désormais toutes chargées négativement à cause de la fixation des résidus de SDS sur les acides aminés. En plus, pour être sûr de bien dénaturer les protéines, on ajoute un agent réducteur: le 2-thioéthanol. On peut alors faire une électrophorèse "classique" avec révélation au Bleu de Coomasie.

Est-ce bien ça ? Si oui, j’ai quand même quelques questions:

• quelle est la différence avec une électrophorèse classique ? On ne sépare plus suivant la charge mais la masse maintenant ?

• En quoi dénaturer les protéines permet de séparer suivant la masse ?

Merci!

D’accord, merci. On est d’accord que c’est pas le SDS qui dénature la protéine mais bien le solvant et le 2-thioethanol ? Je comprends pas exactement l’intérêt de cette méthode vis-à-vis d’une électrophorèse PAGE sans SDS.

Pour répondre à cette question, je te propose de réfléchir à celle ci : que se passe-t-il en migration PAGE sans SDS ?

En migration PAGE sans SDS, à mon avis, on a une séparation simple suivant les charges des protéines / molécules étudiées. On aurait donc les molécules chargées à la surface négativement au pôle positif et vice versa. Et puis les neutres on milieu. Donc moi, la seule différence que je vois c’est que PAGE-SDS c’est séparation suivant la masse et PAGE sans SDS c’est suivant la charge mais ça ne fait pas de sens car on est toujours dans une électrophorèse avec un champ électrique.

PAGE sans SDS c’est suivant la charge

Est-ce seulement en fonction de la charge ?

Je vais rajouter une question subsidiaire : quelles sont les forces mises en jeu dans une électrophorèse ?

ça ne fait pas de sens car on est toujours dans une électrophorèse avec un champ électrique.

En quoi c’est dérangeant ?

PAGE sans SDS c’est suivant la charge

Est-ce seulement en fonction de la charge ?

Je vais rajouter une question subsidiaire : quelles sont les forces mises en jeu dans une électrophorèse ?

Force électrique, le poids et les frottements. Donc aussi en fonction de la masse de la molécule. Ce qui changerait avec le SDS est donc qu’on serait "plus négatif" et la force électrique serait plus forte ?

Pour dénaturer la protéine, il faut aussi un agent pour briser les ponts disulfures des cystéines, non? Peut-être que le SDS le fait mais je pensais qu’il fallait ajouter du 2-thioethanol justement pour les réduire!

Non non, le mercaptoéthanol est bien l’agent qui réduit les ponts disulfure, mais y’a aussi des ponts H, des interactions pi-pi ou pi-cation/anion dont c’est le SDS qui "s’occupe". Maintenant, n’oublie pas de chercher la réponse à la question de Goeland-Croquant, c’est important pour bien comprendre ce qui se passe

J’avoue ne pas trop voir. En ajoutant du SDS, on donne une caractère "-" à toutes les protéines ce qui fait qu’elles migreront toutes vers la borne positive. Du coup, c’est juste la masse / leur taille…

Pour une analyse en SDS-PAGE, nous sommes d’accord. C’est pour l’électrolyse en condition native qu’il reste une zone d’ombre. À quoi sont dues les forces de frottement ?

Tout simplement à la viscosité de gel d’agarose polyacrilamide ?

Tout simplement à la viscosité de gel d’agarose polyacrilamide ?

Même si c’était un liquide et pas un gel, ce ne serait pas vrai. Cherche encore

(indice: on précise toujours quelque chose quand on parle du gel)