Déterminer expériementalement le repliement d'une protéine

Salut,

Concernant les méthodes simples comme l’électrophorèse par contre, je me demandais comment ça fonctionne ? Car en soit l’électrophorèse dépend surtout de la masse et donc je vois pas comment différentier entre replié et "native"…

Ben c’est assez simple en fait, selon son degré de repliement la protéine pourra migrer plus ou moins facilement sur le gel électrophorèse. C’est exactement pareil si tu dégringoles sur un flanc de montagne : tu iras statistiquement plus vite si tu es en boule que si tu t’étends au maximum puisque tu vas diminuer la surface de frottement au sol et la surface avec laquelle tu risques de heurter des arbres ou des buissons qui te ralentiront, expérience à ne pas reproduire chez soi bien sûr.

ça s’explique avec le moment d’inertie de la protéine aussi?

Pas sûr que le moment d’inertie joue un rôle énorme ici puisque les principales forces en jeu sont électrostatiques. Ce qui compte va être la répartition des charges le long de la protéine plutôt que la répartition de sa masse.

Si on regarde le résultat après électrophorèse, les protéine plus repliées seront plus basses que celles non-repliées?

Ça dépend dans quel sens tu fais ton électrophorèse… Elles seront allées plus loin, en toute logique.

Est-ce qu’on peut après mesurer le pourcentage qui est replié par exemple?

Du point de vue quantitatif, une électrophorèse ça casse pas des briques. Si tu as des protéines repliées et d’autre dépliées, tu peux t’en servir comme témoin et voir où ton échantillon se situe entre les deux extrêmes, mais en tirer un pourcentage me semble hasardeux. Des techniques comme la RMN seront bien meilleures.