Spectroscopie et FRET

Bonjour à tous,

Dans un de mes cours de biophysique, on a parlé de FRET et de ce que j’ai compris ce sont des intéraction entre deux chromophores dans une même molécule (ou aussi dans deux molécules différentes qui peuvent intéragir). Dès lors, il va y avoir transfert d’énergie et des changements dans les longueurs d’ondes émises. Est-ce correct? Si c’est incomplet je suis preneur de plus de détails là-dessus

J’ai justement un exercice qui est censé être une application directe de la spectroscopie.

On me donne un graphe avec la fluorescence (ça doit être normalisé je suppose??) en fonction du temps:

En noir c’est un simple fit des données.

On me dit qu’on a une macro-molécule composée de 100 acides aminés avec deux fluorophores: à l’extrémité N on a du Alexa555 (Donneur FRET, t_fluorescence = 4 ns) et à l’extrémité C on a du Cy5 (Accepteur FRET). La paire de colorants possède un ${R_0} = 60A$ (Rayon de Forster). On nous dis que la macro-molécule n’est pas repliée car instable.

On me demande d’estimer la distance entre les deux colorants (Alexa et Cy5) dans la molécule.

J’avoue que je sais pas du tout par où partir… Peut-être si vous avez des idées ça pourrait m’aider (et j’ai sûrement pas très bien compris le FRET donc une explication ferait du bien ).

Merci!

J’ai vu cette vidéo qui m’a donc permis d’un peu mieux comprendre le FRET. Par contre, il montre dans la vidéo des graphes qui n’ont rien à voir avec celui que j’ai et je sais pas comment l’interpréter .

Personne ne sait ? Pierre_24?

Hello,

Je poste quand ce que j’ai trouvé. Ça me semble juste mais j’en suis pas sûr. Sur internet, j’ai vu que le décroissance en fluorescence est exponentielle: $N(t) = {N_0}\exp ( - {k_F}t)$ et quand $t = \tau$ (ie. demi-vie du donneur FRET). On a donc $N(\tau ) = {N_0}\exp ( - 1)$. On cherche cette valeur sur la courbe donnée (ie environ 0.367 ou 1/e exactement). On trouve donc $t = \tau = 0.6$ $ns$ et donc on a la demi-vie du donneur libre qui est de 4 ns (en utilisant une des équations que j’ai…). On peut donc trouver $r$.

Par contre, est-ce que vous savez si on trouver à partir de là le pourcentage de protéine qui est repliée ou non?