Comment lire un papier de recherche

Bonjour,

Dans le cadre de mon stage (dernière année d’école d’ingénieur en informatique), je suis amené à lire des papiers de recherche (en l’occurrence, en agent-based models) et je me doute manquer de méthode pour faire cela efficacement. Comme la communauté du site comporte un certain nombre de chercheurs (quoi que ce terme puisse signifier), je me suis dit que c’était l’occasion pour chacun d’apprendre des autres.

Pour guider la discussion, je propose de partir du document "How to Read a Paper" de S. Keshav (en anglais). En plus de votre opinion sur ses propos, j’aurais quelques questions particulières :

• Prenez-vous des notes pendant la lecture ? Sous quelle forme (liste, schéma…) ?
• Vous forcez-vous à reformuler des passages (par exemple, en les expliquant à d’autres) ?
• Dédiez-vous une partie de la journée à la lecture de papiers ? Par exemple le matin, parce que vous êtes moins fatigué et que ça permet d’y penser toute la journée ? Ou le soir, parce que « la nuit porte conseil » ?
• Etalez-vous la lecture sur plusieurs jours, par exemple pour vous forcer à vous rappeler de ce que vous avez appris la veille ?

Pour répondre, il me semble judicieux :

• D’introduire rapidement le contexte (le domaine dans lequel vous travaillez, votre expérience, etc.)
• De distinguer ce que vous faites et ce que vous voudriez faire dans l’idéal (si vous aviez plus de temps par exemple)

Merci !

PS : j’ignore si le sujet a sa place dans cette partie du forum.

Ça serait presque cool de faire un article si on a des réponses sympa.

Lu’!

Je pense que c’est nécessaire de prendre des notes, raison pour laquelle j’aime bien le format LNCS et que le double colonne me gonfle d’ailleurs. On a plus de place pour annoter.

Très généralement, je m’efforce dans ces notes de questionner des passages, ça prépare l’esprit à recevoir des réponses en commençant à y réfléchir. D’ailleurs pour un process de review, c’est particulièrement utile parce que tu as d’office des questions toutes trouvées à poser aux auteurs s’il manque des réponses. S’ajoute à cela des tentatives de casser le papier, de trouver des problèmes, ça permet aussi de mieux comprendre pourquoi finalement, si, ça marche (ou pas, et en review, ça entraîne les conséquences qu’on connaît).

Un autre partie des notes quand on a du temps devant soit cela dit, c’est d’écrire ses propres exemples pour dérouler la méthode proposée sur autre chose que les exemples fournis, ça aide à la réflexion.

Me forcer, non, mais selon les auteurs je le fais. Il y a des auteurs qui ont vraiment une manière d’écrire si limpide que tu comprends d’office ce qu’ils veulent exprimer, et que tu as bien du mal à trouver une autre formulation qui te convienne. Par exemple, les papiers de Viktor Vafeiadis en vérification c’est juste un plaisir à lire.

Si seulement … le facteur temps n’est pas toujours le plus facile à gérer. Je pense que le mieux pour bien comprendre un papier est encore de le lire au moins où l’on a l’esprit le plus clair habituellement, et ça, ça dépend des gens.

Encore une fois, ça dépend du temps disponible et du temps que je veux investir dedans. Il n’est pas si commun d’avoir du temps pour étaler la lecture sur plusieurs jours.

Déjà, merci pour l’article, je ne le connaissait pas … Et je suis assez d’accord avec ce qu’il raconte. J’allais d’ailleurs dire "ça dépend" (… "de pourquoi je lis l’article"), mais l’histoire des trois passe résume assez bien ce que j’allais dire (disons que je fais pas toutes les passes pour tout les articles).

Du coup,

• D’introduire rapidement le contexte (le domaine dans lequel vous travaillez, votre expérience, etc.)

Je suis chimiste, mais mon domaine s’approche assez fort de la physique et des maths à certain moment. C’est donc des articles assez "formels" (résultats de calculs, éventuelles démonstrations et développement de méthodes de modélisation) que je suis amené à lire. C’est pas du tout le même délire que dans des sciences plus "humaines" (et c’est pas péjoratif).

• De distinguer ce que vous faites et ce que vous voudriez faire dans l’idéal (si vous aviez plus de temps par exemple)

Comme je l’ai dit plus haut, je ne fais pas toutes les passes pour tous les articles: si je m’intéresse à un article uniquement pour des valeurs à des fins de comparaison, je vais moins lire l’article dans le détail que si je dois implémenter la méthode décrite. De même, on ne lit pas une review (qui cherche à faire un aperçu, et que je vois généralement comme une "passerelle" vers d’autres articles) comme on lit d’autres types d’articles.

• Prenez-vous des notes pendant la lecture ? Sous quelle forme (liste, schéma…) ?

Oui. Mais dans la marge, en général, parfois sur une feuille à part quand je fais des schéma. Perso, comme les articles sont au format "letter" américain et moi au format A4, ça me laisse des marges suffisantes, même en deux colonnes. Mais du coup, ce que je fais pas, c’est deux pages par feuille, parce que sinon j’ai pas assez de place. D’ailleurs, il faut que j’aie le papier en main (sorry la planète :s )

• Vous forcez-vous à reformuler des passages (par exemple, en les expliquant à d’autres) ?

Non. Je sais que dans certains labo, ça se fait comme exercice sous une forme ou une autre, mais pas chez moi. D’autant que comme on a chacun notre domaine, c’est parfois complexe de reformuler un passage sans avoir amené ce qu’il y avait avant (auquel cas mieux vaut reformuler tout l’article et pas simplement des passages). De la même manière, c’est difficile pour un extérieur de juger de la "qualité" de la reformulation (je peux très bien penser avoir compris et être à coté de la plaque).

• Dédiez-vous une partie de la journée à la lecture de papiers ? Par exemple le matin, parce que vous êtes moins fatigué et que ça permet d’y penser toute la journée ? Ou le soir, parce que « la nuit porte conseil » ?

Pas vraiment, et encore une fois tout dépend de à quoi l’article me sert (si l’article présente une méthode que je dois implémenter, je vais le lire … Tout le temps). Par ailleurs, je n’arrive pas à passer une journée à faire de la bibliographie (ça finit par être frustrant).

• Etalez-vous la lecture sur plusieurs jours, par exemple pour vous forcer à vous rappeler de ce que vous avez appris la veille ?

Non, je préfère tout lire d’une traite. Par contre, relire un autre jour, ça peut arriver.

Avant de lire un article, il faut essayer de clarifier quel est notre but en tant que lecteur.

Si le but est de faire un travail de recherche, au sens large, alors la méthode de l’article que tu cites me semble pas mal. Grossièrement, dans cette méthode, on essaie de comprendre l’idée directrice, puis les détails et enfin, on jette un regard critique sur le travail.

Il m’arrive régulièrement de lire des articles de recherche. Le truc, c’est que je ne suis pas chercheur, mais ingénieur. Quand je lis des articles de recherche, mon but est de trouver des idées ou des solutions pour résoudre un problème précis. Mon attention est focalisée sur l’applicabilité de ce qui est proposé à mon cas concret. Ça offre une lecture focalisée sur les points qui montrent que la solution va être praticable ou non.

Par exemple, pour mon stage de fin d’étude, j’ai été amené à faire un état de l’art sur un problème d’optimisation donné. La plupart des articles donnaient de bonnes idées, mais qui n’étaient pas praticables pour nous. Je n’ai pas eu besoin de comprendre en détail les articles pour ça. Il m’a suffi de jauger la correspondance entre les principes de base des articles et nos principes de base à nous. Par exemple, s’il y a un trop grand nombre d’évaluations de la fonction objectif, pour nous c’était mort, parce qu’une évaluation complète prenait environ une semaine. Par contre, les heuristiques utilisées ont confirmé notre bon sens.

Plus récemment, j’ai voulu faire un petit programme amusant qui résout un petit problème d’optimisation (encore). Je me suis gratté longtemps la tête sur le formalisme, et suis parti sur une approche facile à programmer. Après les tests préliminaires, les tests grandeur nature ont échoué lamentablement. Je me suis mis à chercher des idées pour résoudre mon problème dans la littérature. Verdict : idées de base bonnes, implémentation exponentielle en le nombre de variables (aïe), existence de solutions plus efficaces pour des problèmes proches ou de solutions à peine plus sophistiquées pour mon problème exact (cool).

Dernier exemple, au travail, on a voulu optimiser (toujours) la commande d’un moteur électrique par simulation. Un peu de recherche superficielle a montré que ce n’était pas faisable économiquement avec les compétences et les outils disponibles en interne. Ce sont toujours les grands principes qui ont permis de trier : éléments finis = c’est mort, accélérométrie = c’est mort, etc.

P.S. : Je n’ai parlé que d’optimisation, mais c’est juste par hasard, ce n’est pas mon cœur de métier.

Par rapport au document "How to Read a Paper", j’aurais tendance à insister plus sur l’importance de la (sous-)section Related Work. Pour moi c’est crucial, dans mes périodes de grande lecture, de lire cette partie juste après l’introduction voire juste après l’abstract/résumé. Ça permet de mieux comprendre le contexte du travail, de découvrir d’autres choses utiles/importantes à lire, et souvent de mieux comprendre comment les auteurs voient leurs propres contributions.

Salut !

Je ne suis pas vraiment chercheur (J’espère le devenir ), mais étant en M2 recherche en économie/finance j’ai l’occasion de lire par mal d’articles, que ça soit pour mon mémoire de fin d’année, dans le cadre des cours (la moitié de mes cours sont des discussion sur des papiers académiques) ou simplement pour mon plaisir personnel (je trouve que lire directement des résultats de recherche permets de s’informer plus vite dans les domaines que l’on connait un peu).

Le premier truc que je lis est évidement l’abstract, pour savoir si l’article va a priori m’intéresser ou pas. Après je lis l’introduction/revue de littérature, afin de bien comprendre le contexte de l’article et le but de l’auteur. En général l’auteur y présente les principaux résultats qu’il va trouver (ça dépend des articles, dans mon domaine ça arrive assez souvent).

A partir de là, soit l’article me semble vraiment fondamental et je vais le lire en entier, soit il me semble moins intéressant que prévue et je m’arrête là. Il arrive aussi que j’aille chercher un résultat précis à un endroit, comme le modèle précis qui est développé par l’auteur, sans que le reste m’intéresse particulièrement.

Si j’avais le temps je lirai tous les articles en entier, mais ce n’est pas vraiment réaliste. De plus a force de trainer dans un domaine, une bonne partie de l’article est connu. Des fois juste en lisant l’abstact et le premier chapitre d’intro on sait ce que l’article essaye de faire et on passer directement aux résultats/modèles.

Sur la prise de note, je ne prend jamais de notes personnellement, par contre je classe les articles que je trouve intéressants dans différents dossiers thématiques. Je fais ça avec mon navigateur, sauf pour mon mémoire où j’utilise Zotero.

De façon générale, je dirais que le plus important quand on lit un article est d’en comprendre le cadre et les limites. Je ne sais pas à quel point cela est valable dans tous les domaines, mais en économie/finance la portée des résultats est souvent trés limité, et il est important de bien voir les hypothèses de l’article et de réfléchir à leur pertinence/validité. Je dirais que plus je lis d’articles, plus je suis septique en un sens sur la recherche scientifique : les résultats ont souvent une portée beaucoup plus faible que ce qu’on pense généralement de l’extérieur. J’avais d’ailleurs lu une étude qui allait en ce sens, montrant que dans leur domaine les chercheurs sont assez prudent, mais qu’a l’inverse ils pensent souvent que les autres domaines présentes des résultats bien plus généraux/utiles/larges que le leur.

D’introduire rapidement le contexte (le domaine dans lequel vous travaillez, votre expérience, etc.)

Pour mon cas, quand je bossais en biomédical.

J’étais autonome sur mon activité de recherche, le reste de mon équipe était des techniciens ou étudiants donc ne faisaient pas de biblio (mais je discutais avec eux des protocoles techniques). Les autres équipes bossaient sur les mêmes thématiques (cancers) avec certains outils en commun (stats), donc on pouvaient discuter des approches globales (mais ils n’étaient pas spécialistes, donc pas des détails).

L’activité de recherche (et donc la biblio) concernait donc de la clinique, du labo et du data mining.

Globalement, ton article "How to Read a Paper" correspond assez bien à ce que je faisais. (En particulier la première passe, je survolais beaucoup d’articles pour savoir s’ils m’intéressaient, si ils pourraient m’intéresser plus tard, ou si je pouvais rejeter)

Prenez-vous des notes pendant la lecture ? Sous quelle forme (liste, schéma…) ?

Toujours. Au minimum, j’utilisais zotero pour conserver la liste de tous les articles (lu, a lire). En particulier les articles rejetés, pour éviter de les lire plusieurs fois.

Pour les articles que je conservais, je prenais des notes dans des .doc (un doc pour les protocoles de biochimie, un pour la bio, un pour le data mining, etc), organisés comme une thèse (par chapitres, avec une progression logique).

Je n’aime pas trop les prises de notes article par article. Comme chaque article en bio aborde plusieurs points, cela veut dire que quand tu te poses une question précise (par exemple "j’ai tel probleme technique, comment je pourrais le régler ?"), tu dois lire le résumé de plusieurs articles. C’est pénible. Je préférais faire ce tri des infos à la lecture.

Vous forcez-vous à reformuler des passages (par exemple, en les expliquant à d’autres) ?

Non. Par contre, les gros articles étaient souvent discuter entre nous (en particulier les articles de stats, qui sont des techniques plus transversales)

Dédiez-vous une partie de la journée à la lecture de papiers ? Par exemple le matin, parce que vous êtes moins fatigué et que ça permet d’y penser toute la journée ? Ou le soir, parce que « la nuit porte conseil » ?

En général le matin en arrivant ou en début d’après midi, après la sieste. En fin de matinée ou de journée, je risquais des choses ou de mettre 2 fois plus de temps a lire un article.

Etalez-vous la lecture sur plusieurs jours, par exemple pour vous forcer à vous rappeler de ce que vous avez appris la veille ?

Sur plusieurs jours. En général 1h à une demi-journée. (Quand tu as du boulot de labo, c’est souvent les expériences qui planifient ta journée, et le reste s’adapte)

De distinguer ce que vous faites et ce que vous voudriez faire dans l’idéal (si vous aviez plus de temps par exemple)

J’aurais aimé ne pas faire les erreurs du début et être expérimenté dès la fin de mes études

Comme dit par d’autres, ça dépend énormément du papier.

Par exemple, je ne lis absolument pas de la même façon un papier de philo, un papier d’histoire, un papier d’anthropo ou un papier de maths.

Pour les papiers de maths (ce qui semble de rapprocher le plus de toi), je fais en gros en 3 étapes :

• La première étape, très superficielle, où j’estime l’étendu des choses que je ne connais pas et qui me sont absolument nécessaires pour aborder la suite. (Cette étape, je ne la fais pas quand je suis dans mon domaine favori avec mes auteurs favoris.) J’apprends ce qu’il me manque, et puis je passe à l’étape deux.
• La deuxième étape, je commence à lire la structure de papier (quel lemme implique quoi), dans le but de voir la structure argumentative et les points finaux essentiels. (En gros la preuve des théorèmes à partir des lemmes). Cette étape me permet de voir où veut aller l’auteur, et généralement les preuves finales des théorèmes sont plus faciles que les preuves des lemmes (qui donnent les outils).
• La dernière étape, je fais un "marathon". Je parcours tout le papier dans l’ordre qui me semble logique pour reconstruire le théorème. Là le but c’est de bien comprendre tout ce qui a été fait.

Bon, ça c’est en théorie. En pratique on fait pas la troisième étape à moins d’être sur un papier important. La plupart du temps, on veut juste connaitre les lemmes utilisés (si on peut soi même les réutiliser par la suite) et comment les résultats en viennent (ce qui permet d’avoir une idée du bousin sans y passer 10h).

Pour tes questions précises :

Prenez-vous des notes pendant la lecture ? Sous quelle forme (liste, schéma…) ?

Généralement pas trop, je suis très avare en notes. Par contre je fais des brouillons quand j’ai besoin (que je jette bien souvent juste après).

Vous forcez-vous à reformuler des passages (par exemple, en les expliquant à d’autres) ?

Je me suis jamais forcé. Mais quand quelqu’un veut parler de maths, je le fais avec plaisir parce que ça aide à mieux comprendre.

Dédiez-vous une partie de la journée à la lecture de papiers ? Par exemple le matin, parce que vous êtes moins fatigué et que ça permet d’y penser toute la journée ? Ou le soir, parce que « la nuit porte conseil » ?

Je crois pas avoir de préférence.

Etalez-vous la lecture sur plusieurs jours, par exemple pour vous forcer à vous rappeler de ce que vous avez appris la veille ?

C’est humainement difficile de lire et comprendre un papier de maths en une journée

En géographie humaine, d’après mon expérience de master (recherche) avec un mémoire et divers rendus (où je lis beaucoup, parce que j’adore faire des biblios de 3 pages pour 4 pages de texte).

Je lis l’intro :

• la problématique ;
• le lieu de terrain ;
• les hypothèses ;

la conclusion :

• voir les résultats importants ;

Corps de texte :

• la méthodologie, si j’ai besoin de refaire une expérience, comprendre une manière de faire.

Dans la prise de notes, je surligne les éléments importants (et je les importe dans Zotero¹). L’idéal était d’écrire une synthèse avec la problématique, les hypothèses, la méthodologie et le résultat, ou simplement les éléments saillants qu’on a besoin à un moment T.

À mon avis, avant de lire un papier, faut se demander pourquoi on veut le lire et ce que l’on recherche.

Et je le lis d’une traite (15 pages, ça passe)… Parce que sinon, je perds le fil

C’est humainement difficile de lire et comprendre un papier de maths en une journée

Peut-être est-ce parce que je découvre complètement le domaine sur lequel mon stage porte, mais j’ai l’impression que ça ne s’applique pas qu’aux maths. Je suis surpris de ne pas lire de processus de vérification de compréhension dans vos messages. Comment évaluez-vous la qualité de votre lecture/méthodologie ? En particulier :

• Vous assurez-vous que vous avez développé une bonne intuition du sujet, que vous l’avez assimilé et pas seulement fait du « scolaire » ? Même si, il est vrai, reproduire le papier fait office de vérification.
• Comment gérez-vous l’oubli ? Je demandais si vous étaliez votre lecture dans le temps parce qu’il m’arrive régulièrement de ne plus me souvenir du contenu des papiers lus la veille, voire des papiers eux-mêmes. Je n’ai pas tout oublié bien sûr, mais je suis incapable de retrouver le plan du papier. Ca me semble assez limitant pour conserver une vue d’ensemble. Je me suis donc dit qu’étaler la lecture sur plusieurs jours oblige à retenir les informations (et permet de détecter rapidement quand la lecture de la veille était superficielle).

Petite question supplémentaire :

Avoir écrit un papier vous a-t-il aidé à lire plus efficacement ceux des autres ?

Merci.

La production d’exemples et le fait d’essayer de casser le résultat (que j’ai décris dans mon précédent message) correspond à cela. Après, quand on commence à avoir une bonne connaissance du sujet traité, il est généralement plus facile de savoir si on a bien compris ce qu’il s’y passe.

C’est aussi là que les notes sont utiles. Après, ça peut venir de l’habitude. A force de lire de papiers, on finit par avoir toujours dans un coin de la tête les auteurs qui généralement amène des idées qui sont plutôt utiles à ce qu’on fait sur le moment, et à aller retrouver les points de biblio qu’on a oublié. Mais de toute façon, tu ne peux pas tout garder en tête. Raison pour laquelle par exemple, un thésard qui termine sa rédaction refera souvent un passage sur les papiers de son état de l’art pour se rafraîchir les idées (avec un oeil neuf) et revoir l’état de l’art en question.

Hum. A lire plus efficacement, sans plus. A repérer quand un papier a été fait par dessus la jambe, oui certainement .

Vous assurez-vous que vous avez développé une bonne intuition du sujet, que vous l’avez assimilé et pas seulement fait du « scolaire » ? Même si, il est vrai, reproduire le papier fait office de vérification.

Travailler sur des exemples, sur des questions annexes ça permet de se fixer les idées.

Après généralement, j’arrive à me rendre compte quand je comprends un sujet ou si je suis en train de m’auto-bullshit.

Comment gérez-vous l’oubli ? Je demandais si vous étaliez votre lecture dans le temps parce qu’il m’arrive régulièrement de ne plus me souvenir du contenu des papiers lus la veille, voire des papiers eux-mêmes. Je n’ai pas tout oublié bien sûr, mais je suis incapable de retrouver le plan du papier. Ca me semble assez limitant pour conserver une vue d’ensemble. Je me suis donc dit qu’étaler la lecture sur plusieurs jours oblige à retenir les informations (et permet de détecter rapidement quand la lecture de la veille était superficielle).

On oublie, comme tout le monde :).

Après, généralement, on garde des traces en tête (parce que quand on travaille un sujet on oublie jamais tout) et quand on sent qu’on a besoin de revoir, ça va beaucoup plus vite.