Logiciel de Structure 3D de Molécule

Sur Ubuntu !

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Auteur du sujet

Bonjour à tous. :)

Je viens vers vous, car je suis à la recherche d'un petit logiciel pour représenter des structures moléculaire, en 3D (cf. photo suivante), sur Ubuntu.

Structure Moléculaire 3D

Puisque, je réécris chez moi, tout mes cours au propre, et donc, ceux de physique/chimie avec. Actuellement, j'utilise Chemtool pour pouvoir écrire, exporter au format .png et insérer dans un document LibreOffice Writer, les formules développés des molécules. Mais j'aimerais beaucoup avoir avec cela, à côté, un petit aperçu de comment rend la molécule en 3D. Donc, si possible, il faudrait que avec ce logiciel il soit possible d'exporter au format d'une image. Enfin, si ce n'est pas possible, ce n'est pas grave, je me débrouillerais avec des captures d'écran. :)

Puis au pire, même si ce logiciel ne me permet d'exporter la molécule 3D en image et de l'insérer dans un document, il me sera toujours utile pour les cours ! :)

Merci pour vos réponses !

Édité par Flori@n.B

Cette réponse a aidé l'auteur du sujet

Cette liste est, de mon point de vue, complètement pas à jour (la plupart des programmes dates de début 2000).

Elle oublie par exemple de présenter Avogadro, qui est depuis quelque temps une référence en la matière (enfin, le terme "référence" est un peu fort, mais au moins, il est toujours maintenu, ce qui n'est pas le cas d'un certain nombre de programme de la liste), et qui est dans les dépots ubuntu (et d'à peu près toutes les distrib's, et windows, et mac). Il intègre OpenBabel, qui permet d'ouvrir énormément de formats en chimie (et ça c'est cool) et un peu de champ de forces vites fait pour nettoyer des structures et obtenir des machins un peu réalistes (et ça c'est cool). Bref, le bonheur …1

Il y a aussi, mais ça devient tordu, pymol, qui est en fait encore meilleurs, mais très difficile a prendre en main (et clairement orienté biologie).


  1. … Tant qu'on ne lui demande pas trop, il a encore des bugs. Mais pour ce que tu cherches à faire, c'est paaaarfait :) 

Édité par pierre_24

Doctorant et assistant en chimie à l'Université de NamurEx-dev' pour ZdS (a aidé à réaliser la ZEP-12 !) • Carniste cis (y parait que c'est une injure)

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Juste, je l'ai oublié, celui là. Bon, ça lit le format PDB, donc en soit, avec Avogadro, tu peux encore exporter dans ce format là si tu y tiens absolument (et de toute façon, le site annonce que le programme lit un certain nombre de choses). Du reste, c'est aussi complexe à prendre en main que pymol :p

Doctorant et assistant en chimie à l'Université de NamurEx-dev' pour ZdS (a aidé à réaliser la ZEP-12 !) • Carniste cis (y parait que c'est une injure)

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