Il y a eu quelques réponses avant que je finisse la mienne, donc certaines choses ont déjà été dites. J'espère que ça ne pose pas trop de problème.
Pour répondre simplement, c'est bel et bien les forces de frottement (en grosse partie) qui sont à l'origine du fait que l'on ne puisse pas faire de mouvement perpétuel. Mais pour mieux comprendre les choses, il me semble essentiel de bien différencier un certain nombre de choses et définir certaines notions.
Les définitions que je vais donner sont simplifiés et potentiellement en partie inexacte, le but étant qu'elles soient simple à comprendre.
Lorsque l'on parle d'un objet en déplacement, il y a deux choses importantes : sa vitesse de l'objet et sa masse. D'après la première loi de Newton, si un objet ne subit aucune force, il conserve son mouvement (ou son absence de mouvement).
Donc ce qui va modifier sa vitesse, c'est une force. Cette modification se fait en suivant le principe fondamental de la dynamique qui dit que l'accélération (son changement de vitesse) d'un objet est égal à la somme des forces qu'il subit divisé par sa masse. Donc si tu appliques la même force à un objet massique, sa vitesse va moins changer.
Une énergie (mécanique), ça correspond à l'action d'une force pendant un certain temps (c'est assez grossier, mais ça aide à comprendre). Une autre manière de voir les forces, c'est de dire que c'est un transfert d'énergie : quand tu pousses ta voiture, tu "donne" de l'énergie qui est transformé en énergie cinétique. De même, quand il y a des frottements avec le vents, ta voiture transfert de l'énergie cinétique à l'air. En fait, tous les changements d'états que tu peux observer (ou non) correspondent à des transferts et des transformations d'énergie. Que ce soit de l'énergie mécanique (vitesse), de l'énergie électrique, de l'énergie thermique, etc… Et ce qu'il faut bien comprendre, c'est qu'il n'est pas possible de faire un transfert d'énergie qui fasse augmenter la quantité d'énergie totale.
Pour faire le parallèle avec des choses plus visibles, si tu as un verre d'eau, tu pourra la transvaser dans d'autres récipients, le faire congeler, le faire se condenser ou n'importe quoi d'autre, tu ne pourra pas obtenir plus d'eau à moins d'en prendre ailleurs. L'énergie, c'est pareil.
Au niveau de ton schéma, les aimants ajoutent une composante plus complexe : le champ magnétique. L'idée d'un champ (qu'il soit magnétique ou gravitationnel), c'est que pour chaque point de l'espace on définit une énergie potentielle et le déplacement d'un objet entre deux points requiert (ou produit) une énergie équivalente à la différence d'énergie potentielle entre le point de départ et le point d'arrivée.
Pour mieux comprendre la notion de champ, je vais prendre l'exemple du champ gravitationnel terrestre. Dans un monde sans frottement, lorsque tu te déplaces entre deux points qui ont la même altitude, cela ne te coûte pas d'énergie. Tu dois dépenser de l'énergie pour monter et tu peux en gagner en descendant. Tout ça, c'est parce que un point qui est plus haut à plus d'énergie potentielle. Au passage, l'énergie gagné ou perdu est proportionnelle à la masse de l'objet que tu veux déplacer (cf le principe fondamental de la dynamique).
Donc en fait, lorsque ta roue tourne, tu peux "gagner" de l'énergie grace aux aimants qui ce rapprochent de celui qui est fixe, mais tu en perds de la même manière à causes de ceux qui s'éloignent de l'aiment fixe. Donc même si tu élimines toutes les pertes d'énergies possibles (frottement, chaleur, etc), au mieux ton système tournera indéfiniment. Sauf que cela ne permettra pas d'obtenir d'énergie : celle-ci provient d'un changement d'état (ici de vitesse). Donc de base, ton système ne bouge pas, tu devra lui transférer de l'énergie pour qu'il commence à tourner et inversement, tu ne pourra pas récupérer plus d'énergie en le ralentissant.
Pour pousser un peu plus loin, la physique est même un peu plus vicieuse. Il existe ce que l'on appelle de l'entropie qui est (en simplifiant beaucoup) de l'énergie irrécupérable (un peu comme de l'eau que tu aurais fait tomber par terre dans l'example des verres). Et en réalité, il y a un certain nombre de transferts d'énergie pour lesquels une partie de l'énergie qui est échangé est transformé en entropie, donc tu te retrouves avec moins d'énergie à l'arrivée qu'au départ.
Voilà, j'espère que tu comprends un peu mieux pourquoi le mouvement perpétuel est difficile à faire et pourquoi, même si on arrivais à le faire (par exemple dans l'espace), on ne pourrait pas s'en servir pour obtenir de l'énergie.
EDIT : ah, et j'oubliais par rapport à la question sur les règles empiriques. En fait, absolument toutes les connaissances de physique sont et seront toujours uniquement empiriques. Toutes les lois proviennent d'observations et sont considérés comme valide tant que l'on n'a pas trouvé d'éléments les contredisant. La seul manière de vérifier une loi en physique est de chercher des contre-exemples. Si on cherche assez bien et que l'on n'en trouve pas, on peut penser que la loi décrit correctement le monde dans lequel on vit.