Je suis aussi d'avis de séparer le cours en moyen-tutoriels séparés, un sur chaque "prétexte".
Par contre, si le but est d'éviter de faire un cours trop scolaire, c'est complètement raté. Il y a de bonnes idées, mais on reste quand même assez proche d'un cours bien magistral, que ce soit dans la formulation des explications, la structure du cours, et ainsi de suite. Aussi je me permets de te donner des conseils qui m'ont été prodigués en formation pour justement éviter ce genre de choses. Le message se complétera par la suite si des choses me reviennent à l'esprit.
Premièrement, le fait de fournir un prétexte motivant est une bonne idée. Après, les prétextes utilisés ne sont pas idéaux et on pourrait chipoter, mais je les trouve assez bien choisis. Cependant, ce prétexte est suivi par trois putains de chapitres construits comme des cours magistraux, avec un plan scolaire et tout ce qui va avec. Le lecteur ne sera pas dupe : il verra bien qu'il est en train de lire un cours de biologie scolaire et arrêtera la lecture assez rapidement. Il se peut même qu'il aie oublié la question de base bien avant la fin du premier chapitre : c'est dire !
De plus, une partie des notions sont abordées immédiatement, sans préliminaires. Je pense notamment à l'introduction des trois types de muscles. Ce genre de chose fait que ton plan est bien trop prévisible. Tu introduis des concepts clairement en partant de l'abstrait pour aller au concret : des types au muscles, tu poursuis avec un sous-type. Pour éviter de faire scolaire, tu dois faire l'inverse : partir du concret pour aller vers l'abstrait. Tu devrais plutôt introduire ceux-ci lors de digressions dans un cheminement de base. Là, tu ne fais que dérouler un cours magistral, là où un cours vraiment motivant doit partir dans tous les sens à la moindre occasion pertinente, utiliser des digressions, ouvrir des parenthèses, et utiliser celles-ci pour transmettre le savoir indirectement. Tu l'as fait pourtant, avec l'usage d'un prétexte d'apprentissage, mais tu ne va pas du tout au bout de cette logique d'introduction des connaissances de manière indirecte : tu dois faire la même chose dans le cours même. Là, on voit clairement, dans tout ton cours, que tu camoufle un cours magistral en en changeant que la forme. Ce n'est pas motivant
Pour reprendre l'exemple de l'introduction des trois types de muscles. Je serais toi, je la mettrais après avoir parlé de l'organisation des muscles striés. Lors des explications sur les muscles striés, je ferais croire qu'elles valent pour tous les muscles. Puis, par la suite, j'insérerais une balise question qui dit "Alors pour résumer, tous les muscles sont organisés avec … ?". Et là, tu explique que non, et que cela vaut pour certains muscles : tu introduis alors les différents types de muscles.
De plus, je vois que tu poses des questions, mais essentiellement pour garder la concentration du lecteur. Très mauvaise idée ! Des questions comme "Oulala mais c'est quoi ce nom horrible ? La pompe quoi ?", servent juste de distraction lors de la lecture et peuvent perturber, chose qui n'est jamais agréable lors de la lecture. De plus, tu utilises rarement celles-ci pour poursuivre un raisonnement. Dans le premier chapitre, tu ne le fais que deux fois, dont avec la question "Mais alors où se situe le corps cellulaire ?". De même, tu devrais introduire les nécessaires digressions en posant des questions, justement. S'il fallait résumer, les questions doivent servir à trois choses : poursuivre un cheminement (pour mieux le cacher), introduire des digressions, et aussi faire réfléchir le lecteur, lui poser des défis intellectuels. Rien de tout cela n'est présent dans le cours.
Pur résumer, je diras que c'est un bon début pour qui n'a pas été formé aux codes des cours "constructivistes" (pédagogistes diraient certains). Mais ton cours, tel qu'il est, se ferait défoncer par un inspecteur d'académie comme étant frontal, pas assez motivant et extrêmement encyclopédique. Je te conseille de le retravailler, sincèrement, et l'appliquer les quelques conseils donnés plus haut. Cependant, je tiens à te mettre en garde : même pour quelqu'un de formé à ces méthodes, il est très difficile d'appliquer ces recommandations correctement.
Bon courage.
A titre personnel, je trouve que ton style d'écriture est horrible : tu prends tes lecteurs pour des cons. C'est manquer de respect à tes lecteurs. On croirait voir un cours de l'ancien temps du siteduzéro. Mais cela, ce n'est qu'un avis personnel, et pas quelque chose que tu devrais changer si tu veux voir ton cours publié.