Hybridation non spécifique électrophorèse

Bonjour,

Je me demandais ce qu’on verrai sur un gel d’électrophorèse si on fait une hybridation non spécifique (c’est-à-dire que toutes les bases ne sont pas complémentaires). Le brin tiendrait quand même ensemble s’il y a assez de bases complémentaires, donc je me dis qu’on devrait voir une bande à l’emplacement de la taille de ce brin. Est-ce que la non-spécificité peut influencer la progression de l’ADN sur le gel? Est-ce que le brin ne risque pas de se rompre?

J’imagine qu’on essaie d’éviter le plus possible les hybridations non spécifiques, c’est pour ça qu’on approche le plus possible la température de celle de dénaturation, comme ça c’est juste les hybrides les plus spécifiques qui vont encore tenir ensemble. Mais je suis quand même curieux de savoir ce qui se passerait si on garde les non-spécifiques. Risque-t-on d’avoir des bandes non voulues?

Merci.

Je n’ai absoluement aucune idée de la réponse, parce que c’est pas du tout mon domaine, mais par curiosité, à quoi sert la méthode que tu décris ? Je connais l’électrophorèse, mais la suite m’est absolument inconnue

Le brin tiendrait quand même ensemble s’il y a assez de bases complémentaires, donc je me dis qu’on devrait voir une bande à l’emplacement de la taille de ce brin.

Oui ça semblerait logique. Mais lorsque tu déplace une molécule qui n’est pas aussi ordonné que deux brins spécifique, tu n’as pas le même volume à déplacer.

Je m’explique : Si tes deux brins concorde spécifiquement, alors le volume que prend la molécule n’est pas le même qui sir tes deux brins sont non spécifique, les repliement influerons sur le résultats de la migration.

On est bien d’accord, @Le Gigot, que tu parles de retard sur gel en électrophorèse ?

Si oui, je ne suis pas sûr de voir ce qui te pose problème. Tu as ta bande qui est allourdie par simple appariement, qu’il soit parfait ou non, d’où le retard dû à la plus faible mobilité électrophorétique. Et tu as tout compris, on se place dans les conditions les plus stringentes possible pour s’assurer que la bande obtenue est caractéristique de ce qu’on recherche. Dans le cas contraire, on n’aurait aucune certitude sur le fait que la bande retardée corresponde bien à la séquence recherchée.

Merci Goéland croquant! Et non, en fait je parlais plutôt d’un Southern Blot.

pierre_24 > C’est une question purement théorique. C’est une élève qui m’a posée cette question.

En fait non. Effectivement, l’ADN est traité chimiquement pour qu’il devienne linéaire et chargé négativement, donc je ne pense pas que le repliement modifiera le résultat de la migration.

En tout cas, merci pour votre aide!