tu m'as pas très bien compris: tu fais 3 "sous-images"(une pour le vert, une pour les fleurs, et une pour le tronc, disons) en filtrant des "couleurs" qui te plaisent bien (cette opération est simple dans l'espace de couleurs HSV, parce qu'en gros tu te donne des intervalles pour toutes les composantes, et ça isole bien des "couleurs". ça sert a repérer des objets en vision en général). si c'est dans la bonne couleur tu fais un beau blanc, sinon un noir, et ce pour chaque image. et après, tu combine tes images pour avoir "la forme des arbres" (sur certains arbres, ça peut ressembler à des raquettes de ping pong. sur tes pommiers, je sais pas trop). en noir et blanc.
et si après ça tu arrive à couper les arbres les uns des autres (un peu comme je t'ai dit, là ou y'a un "pic de ciel vers le bas", y'a un nouvel arbre qui commence, 'suffit de mettre la caméra un peu en contre-plongée pour que ça marche bien), tu peux obtenir un masque pour calculer tes densités de fleurs arbre par arbre.
mais si tu pouvais nous fournir 2-3 photos du verger avec des échelles et des cas un peu litigieux ce serait peut-etre plus simple pour nous de pas te dire de bêtises.