Pour du montage vidéo sous Windows : Blender VSE (video sequence editor) effectivement est bien mais complexe à maitriser au départ (encore que, y a des ressources sur internet bien fichues et même en français).
Moins complet, on a Shotcut (multiplateforme), qui gagne à être connu.
Pour du stop mo, les logiciels gratuits sous Windows ne sont pas légion. MonkeyJam est sans doute le plus complet, mais assez vieux et, dans mon souvenir, y a pas moyen de faire plus grand que de la SD.
Y a le logiciel Hyde qui est en cours de développement et qui pour le coup à l’air pas mal du tout.
Après évidemment, il reste les logiciels pros (Dragonframe et Stop Motion Pro).
EDIT: Effectivement, en stop mo, l’onion skin est quasi obligatoire si on veut arriver à faire quelque chose de fluide.