Que la documention soit generee a partir de commentaire dans le code est quelque chose qui s'est impose par le cote pratique mais ce n'est pas necessaire en soit. En realite il y a plein de choses que tu dois faire en dehors de cela, meme avec Doxygen, et qui ne sont pas sous forme de commentaires (ajout de liens ou schemas non generes depuis le code, documentation plus haut niveau, etc).
Les commentaire ne sont pas de la documentation et l'inverse est vraie egalement.
Si tu generes ta documentation a partir du 'code' (du fichier contenant egalement le code fonctionnel pour etre precis - pour le differencier de l'auto-completion qui va lire le code fonctionnel lui meme + eventuellement les annotations pour la doc) c'est bien justement pour obtenir un document independant de celui-ci.
Sauf que ce que tu lui as explique n'est pas important. Tu lui as dis de commenter tous les blocs, ce qui n'a pas de sens. Quand il montre un resultat passablement mauvais, tu lui dis que c'est bien mieux, ce qui n'est pas le cas.
Je lui conseille effectivement de ne pas commenter son code pour commenter son code. Tu lui aurais conseille de documenter pourquoi pas, et tu lui aurais fait les critiques sur le fait que ses commentaires etaient pour la plupart inutiles, j'aurais rien dit.
Comme je le disais, un bon code c'est un code avec le nombre minimal de commentaires. Le nombre minimal est celui qui fait que si je retire un commentaire, mon code devient plus difficile a lire / maintenir.
Un peu de lecture pour resumer. [EN]