La situation de l’édition scientifique est honteuse, mais honnêtement je ne pense pas que ce soit une cause principale des problèmes de financement scientifiques aujourd’hui. Financièrement c’est très lourd pour les bibliothèques unversitaires qui ont un budget petit devant le budget de recherche d’ensemble, et le fait que la dépense soit totalement injustifiée et illégitime la rend scandaleuse, mais en terme de volume d’argent, ça n’est pas négligeable mais ça reste petit.
Pour donner un ordre de grandeur, je trouve le chiffre sur internet: une année récente (je ne sais pas laquelle), le budget "achat d’abonnements scientifiques" du CNRS était de 15 millions d’euros. C’est beaucoup, mais c’est petit devant le budget total du CNRS, ou même le budget total de l’ANR qui est plus représentatif de "l’argent pour financer la recherche" (parce qu’il n’inclus pas les salaires des chercheurs, etc.), budget de 350 millions en 2005 et 955 millions en 2009. On ne peut pas comparer directement ces chiffres (les universités paient aussi des abonnements etc.), mais ça suggère que sur l’argent disponible (en plus des salaires) pour financer la recherche, l’édition scientifique consomme de l’ordre de 5-10% des ressources, ce qui n’est pas vraiment "une grosse partie".
Edit: tiens je n’avais pas vu les chiffres de Davidbrcz plus haut qui sont en contradiction avec ce que je disais. Donner 172 millions d’euros à Elsevier (qui est loin de couvrir tous les domaines d’édition scientifique) c’est effectivement n’importe quoi, et là ça représente un coût important par rapport à l’argent qui finance la recherche (ou les universités en général).
qwerty: ton lien vers "discussion" est mort chez moi (page blanche).
Personnellement je pense que cette question dépend beaucoup du type de recherche qu’on fait, mais que pour ce qui rentre dans le cadre des "recherches fondamentales", le meilleur modèle reste le financement par l’État. C’est un financement participatif par nature, et je pense que c’est aussi un rôle à occuper par les scientifiques que d’aller vers le public pour les convaincre de l’utilité des financements de recherche. Aujourd’hui c’est facile pour le politique d’avoir une version court-termiste des financements de recherche parce que les électeurs ne s’en soucient pas beaucoup – et on peut les comprendre, il y a toujours des profs, des infirmiers ou des policiers/militaires qui ont un rôle plus immédiat et plus visible et aussi besoin de sous.
Après il y a aussi la question de comment répartir l’argent (et pas de qui paie) qui est intéressante. Je pense que le modèle "financement par contrat" ne fait pas beaucoup de sens en dehors des sciences expérimentales, il se justifie surtout pour les projets qui ont des besoins d’équipement lourds, pour le reste il vaut mieux un financement par fond permanent qui donne plus de liberté et moins de paperasse. Même dans les sciences expérimentales, on peut distinguer les financements pour les équipements (liés à un projet), et les financements des personnes (liées à une compétence), et je pense que les personnes devraient aussi être financées sur des fonds de nature permanente.
Dans mon labo par exemple, il y a un projet Ice Memory qui cherche à forer des carottes de glaces de différents glaciers avant qu’ils ne fondent et garder ces carottes pour l’étude du climat des générations futur. Et évidemment, un projet scientifique n’ayant pas à vocations à produire des résultats ni a avoir aucune retombé pécuniaire, y’a pas eu de financement de l’état… Du coup, entre autre, il y a un crowdfounding : 
